Far Cry 3 je FPS hrou, v ktorej sa objavujú prvky RPG, perky a systém craftovania. Hráč má možnosť vďaka postupnému navyšovaniu svojich schopností eliminovať nepriateľov na niekoľko spôsobov. Ide napríklad o možnosť tichého zabitia z výšky, z vody alebo z tesnej blízkosti spoza nepriateľa. Vďaka fotoaparátu, ktorý hlavný hrdina vlastní, je možné si označiť a zaniesť na mapu pohyby nepriateľov